El Dr. Javier Pinaya estudio la carrera de Odontologia en la UMSA, Universidad Mayor de San Andres, del año 1991 al 1997, terminando con excelente nota de examen de grado. Luego de realizar una pasantia de un año y medio en el Hospital de clinicas en el servicio de Cirugia Maxilofacial, el año 1999 inicio su carrera de especialidad en Cirugia Bucal y Maxilofacial en la ciudad de Buenos Aires Argentina, con una residencia de 5 años y rotando por varios servicios de cirugia maxilofacial de hospitales como Mariano y Luciano de la Vega, a cargo del Dr. Alejandro Ostrosky, Maria Curie, Dr Cruz, San Roque de Gonet, La Plata, con el Dr. Julio Velazquez, y Hopital Malvinas Argentinas, Con el Dr. Alejandro Ostrosky, quedandose en este ultimo como jefe de residentes, cirujano de planta y ascendiendo mas adelante a jefe de servicios de guardia y de Cirugía BucoMaxilofacial del año 2005 al 2007. Tambien realizo una subespecialidad en Cirugia Ortognatica en la Universidad de Chile con el Dr. Luis Quevedo. En el transcurso de su formacion realizo muchos cursos de actualización en Argentina, y USA como Dallas, Tampa , Miami Junto a los Dres. Julio Cifuentes, Eduard Ellis III, Eduardo Rodriguez.
Es conferencista nacional e internacional, invitado a impartir conferencias en congresos y seminarios. Author y coautor de numerosos artículos científicos en revistas científicas nacionales e internacionales.
El Dr. Pinaya es miembro titular de la Sociedad Boliviana de Cirugía y Traumatologia Buco Maxilofacial y actualmente ocupa el cargo de Vicepresidente gestión 2016-2018 por 2da vez consecutiva, (anterior gestión 2014-2016) Es miembro titular de la Sociedad Boliviana de Implantologia Oral de Santa Cruz.
Es miembro de la fundación AOCMF internacional, dirigiendo el grupo en Santa Cruz con una participación activa como profesor nacional en todos los cursos anuales AOCMF en Bolivia. La AOCMF Latin América lo capacito en el FEP, programa de entrenamiento para Facultys (profesores) en el año 2014 en Lima y en el CTP, programa de entrenamiento para Chairman en Bogota Colombia en 2015.
Es miembro S.O.R.G. Fundation desde el año 2015.
Es miembro de la Asociación Latinoamericana de Cirugía BucoMaxilofacial ALACIBU desde el año 1999 y obtuvo el Board en dicha asociación, siendo en Bolivia uno de los dos únicos cirujanos acreditados y certificados por el Board Latinoamericano de Cirugía BucoMaxilofacial – BLACIBU.
Es Miembro de la IAOMS, International Asociation of Oral and Maxillofacial Surgeons desde el 2001.
El Dr. Javier Pinaya fue Presidente del VII Congreso Internacional de la Sociedad Boliviana de Cirugía y Traumatologia Bucomaxilofacial en Santa Cruz en agosto del año 2014, invitando a profesores internacionales de gran trayectoria y reconocidos mundialmente como el Dr. Carlos Ries Centeno de Argentina, Dr. Carlos Navarro Vila, y Dr. Cosme Gay Escoda, ambos de España. Dr. Wladimir Genovesi, y Dr. Gino Kopp ambos de Brasil y el Dr. Marcelo Sarzosa de Chile. Siendo un congreso de 1er nivel al cual acudieron mas de 320 profesionales nacionales y extranjeros, logrando una asistencia con el mayor numero de participantes de los últimos años en congresos de sociedades científicas del país, actualizándose en cirugía reconstructiva microquirurgica, cirugía ortognatica, cirugía bucal e implantes, cirugía de la Articulación Craneomandibular y trauma facial.
Fue profesor de pregrado de la materia de Cirugia III de la carrera de odontologia de la Universidad Santo Tomas de Aquino UDABOL de Santa Cruz y de la Universidad Nacional Ecologica del año 2009 al 2013.
Es profesor titular y coordinador del Diplomado de Cirugía Bucal del centro de postgrado del Colegio de Odontologos de Santa Cruz. Profesor adjunto del programa de especialidad de ortodoncia y ortopedia dentofacial impartiendo el modulo de cirugia de ortognatica de la escuela de postgrado de la Universidad San Francisco Xavier de Chuquisaca en Santa Cruz. Es profesor adjunto de varios programas de especialidad y maestrias de ortodoncia en Bolivia impartiendo el modulo de cirugia Ortgonatica.
Trabajó como Cirujano Maxilofacial en la Caja Nacional de Salud y Hospital Universitario Japones del 2008 al 2010.
Actualmente es cirujano maxilofacial del staff medico de la Clínica Incor desde el año 2008 y Cirujano Maxilofacial del staff medico de la Clínica Angel Foianini desde el año 2010.